医院科主任扣除员工绩效工资是否合法，核心看是否有合法依据与程序。具体分析如下：
若符合劳动合同约定或合法制定的规章制度，且理由正当，则合法；反之则不合法。
1. 劳动合同明确约定绩效标准、扣除条件及方式，员工知晓认可，科主任依约扣除，通常合法。
2. 医院规章制度对绩效扣除有明确规定，且经职代会或全体职工讨论、协商确定并公示，科主任按此扣除，一般合法。
3. 无合同约定、无合法规章依据，或扣除理由不成立（如无正当理由），则扣除不合法。
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处理医院科主任扣绩效工资问题时，需注意特殊情形对结果的影响：
1. 双方协商调整绩效标准：员工与医院事后协商调整绩效标准，科主任按新标准扣除，合法性以新约定为准。若新标准合理且双方认可，扣除合法；反之则不合法，这会改变原仅依据合同和规章的判断基础。
2. 绩效考核存在争议：员工对考核结果有异议（认为不客观、不准确），导致绩效工资被扣除时，需先认定考核结果合理性。若结果不合理，基于此的扣除行为可能不合法，需先解决考核争议。
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医院科主任扣除员工绩效工资可能给员工带来法律风险，举例如下：
1. 经济损失风险：科主任无合法依据（既无合同约定也无合法规章制度），仅凭主观意愿扣除绩效工资，员工会损失本应获得的劳动报酬。
2. 维权证据不足风险：科主任以员工未达标为由扣绩效，员工若无法提供完整绩效考核记录证明实际绩效情况，或无法证明绩效标准不合理，维权时会因证据不足处于不利地位。
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判断医院科主任扣除员工绩效工资的合法性，可依据相关法律法规分析：
《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”

医院作为用人单位，科主任的扣除行为代表医院。若医院绩效扣除规章制度未经上述民主程序制定，或未公示、告知员工，则该规章无法律效力，科主任依此扣除绩效工资的行为违反《劳动合同法》第四条，属于不合法行为。

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